Collimator code according to the description in the CHANGE program. Note that  you should not include the '*' - the character necessary to be used as a prefix  in the CHANGE program. For example simind input/cc:ge-legp gives this collimator  in the simulation regarding of what is given in the smc file [Character input]

This switch is used when simulating a heart beating and/or respiratorical  movements using MCAT/NCAT phantom. if the bease name is test then adding a  switch /DF:3 will try and open a file named  test_atn_3.bin. If this switch is not  given then it will open the file test_atn_av.bin as is the standard name for the  average density image from ncat

Energy offset relative to Index 01 and expressed in keV for the center energy of  the photo peak window. A negative value means a lower value relative to index  1. If this shift are not given then the center value of the energy window is  defined by index 1. 

Give the name for the zubal file that will be used but without the extension 'zub'   [Character input]

Give the name for the isotope file that will be used but without the extension  'isd' [Character input]

Base name for the density map [*.dmi] or the NCAT attenuation map [*.bin]   [Character input]

Base name for the source map [*.smi] or the NCAT activity map [*.bin]   [Character input]

Image files are stored as integer*2 matrices. By default a scaling factor is  calculated from the first projection so that the maximum in that projection will be  1000. If a data value is gives after /I2 then that value will be used as a scaling  factor. For example /I2:150 scales the data to a maximum value of 150.

Number of photon histories before printout of the ongoing status line. Require a  data value. The default is 1000.

A samplings technique based on linear sampling of the polar angle for the photon  direction is used. Note that this is only useful when simulating the collimator that  allow for penetration. 

Parameter that changes the orientation of the density map. Value 2 transpose  the maps, value 3 swaps the maps so index [1,1] is the lower left and value 4  both transpose and swaps.

Start simulation at projection number given by the switch. Default is projection  1. If the value is negative then this indicate the stop projection number. The  order of positive and negative numbers is of no importance.

In some cases it is more convenient to express the centre of the source in terms  of pixel unit instead for cm and let the computer calculate the physical centre  position. By using the /PU [= pixel units] switch on can give the shift of the  source in pixel units accoriding to 

c:\simind> simind input/16:38/17:128/18:64/UP. 

From the phantom length and the density pixel size is calculated the true source  shift in cm. If the command looks like

c:\simind> simind input/16:38/17:128/18:64/UP:0.25 

then the position is scaled down by a fator of four. Is is used when the pixel  units is valid for e.g. a 512 matrix but the actual density map used in the  simulation is only a 128 matrix.

Quit the simulation if an earlier result file exists. This flag is useful if a batch  simulation has been ongoing and the computer has been restarted following a  power-failure. This may then prevent recalculation of already existing data files.

The random number generator is based on seeds that is stored in *.num files in  the smc_dir directory. The SIMIND starts it reads the seed and when the  simulation is at the end the last seed is stored in the files for the next run.  However, when running on clusters or machines with multiple cores the situation  may occur that multiple runs reads the same seed and thus duplicate the  results. If different integer values is set for this /RR switch random numbers are  at the very beginning of the run is created based on this value. This ensure that  when the actual simulation begin the random numbers with be different. Most  convenient way to use this switch is of course when defining the run in a script.

Swap the bytes in the integer image file created if the switch /I" have been  given. The Interfile file key "number format" is properly set accordning to the  computer that is used. For example, if running on a PC the number format will be  BIGENDIAN if /SW is given and LITTLE ENDIAN if the running computer is a SUN

Maximum number of scatter orders allowed in the phantom. Require a data value.  A large number requires more computing time since more multiple scattered  photons will be followed in the phantom. In some case [for example, when  simulating images obtained in a narrow energy window] a lower value may be  sufficient since the lower energy photon with a low probability is rejected by the  energy window. The user must therefore be careful so the proper number of  scatter orders is simulated for the particular simulation. It can be necessary to  do some 'trial-and-error' simulation The default value is 3. If scatter order are a  negative value the only the scatter distribution is simulated and stored in the  images and spectrum.

This switch is used when simulating a heart beating and/or respiratorical  movements using MCAT/NCAT phantom. Since each segment from MCAT/NCAT  has its own image file with a particular number this switch makes a patch to the  file name of the density file. For example, suppose you have generated 8  segment of a beating heart using the base name "test". The output from NCAT  give you files named test_act_1.bin, test_act_2.bin,...test_act_8.bin. If you add  the switch /SF:3 then you will use the source map test_act_3.bin even if the  input file says test. If this switch is not given then it will open the file  test_act_av.bin as is the standard name for the average source image from ncat

A time shift can be added to the date and time description in the interfile  header. The initial time and date is set in the simind.ini file and the value of the  /TS switch is the extension of this time expressed in hours. 

If the value are negative then the activity value [index 25] with be reduced by a  factor corresponding to the physical decay of the time shift. This is done only of  the halflife value [expressed in units of hour] is provided in the *.isd file used.  This option does not work for a single photon energy. To make it work then  create a isd file with the photon energy and abundance and add a line  "halflife:6.02".

Set the density equal to the data buffer or if not present equal to 1.0 [=water].  This makes the phantom equal to uniform attenuated regardless of the initial  voxel value in the phantom.

Whole Body Simulation of Anterior and Posterior view. Note that you might need  to adjust the Matrix size with simparam and the detector length [index 8]..When  this switch is given the following parameters is set

Number of projections = 2
Interfile = .true.
Phantom flag = .true.
Rotation type = 0 [360 degrees]
Matrix size = n*512 x n*192 when n is the value of the WB Switch
Pixel size = Pixel size / n

'n' specifies the cross-sections [1-6] that can be changed. the X1-X5 refers to  the index 9,10,11,12 and 15 in the main CHANGE menu and X6 is the material for    the collimator when using the simindc, scattwinc. [Character input]